В дореволюционной азбуке буква Д называлась «добро». Флаг с этой буквой в своде сигналов военно-морского флота означает: «Да, согласен, разрешаю». Отсюда и произошло выражение «дать добро». Производное выражение «таможня даёт добро» впервые появилось в фильме «Белое солнце пустыни».
Источник:Википедия / Флаги военно-морского Свода сигналов СССР