Притяжательное прилагательное «шарашкина» образовалось от диалектного слова «шарань» («шваль, голытьба, жульё»). Выражение «шарашкина контора» сперва означало буквально «организацию жуликов и обманщиков», а сегодня употребляется для обозначения несолидного учреждения. В советское время шарашками прозвали конструкторские бюро при тюрьмах, в которых осуждённые учёные и инженеры разрабатывали в основном новую военную технику.
Источник:Википедия / Шарашка