Антонимы «конец» и «начало» восходят к единому праиндоевропейскому корню «ken». Дело в том, что древнерусское «конецъ» означало также «край, предел, граница», а начало — это тоже в определённом смысле рубеж, только первый, а не последний. Изменение звуков происходило так: корень «ken» трансформировался в «kъn», затем получил приставку и суффикс, и получилось примерно «nakьndlo», что постепенно преобразовалось в «начало».
Источник:О жизни слов / «Конец» и «начало» — бывшие однокоренные слова